Қазақстандағы ШЖМ–ны дамытудың оқу-тәрбие процесін ұйымдастыру проблемалары қатарына келесі мәселені бөліп көрсетуге болады:
A) аз толтырылған сыныптарда оқытудың дәстүрлі әдістемелерінің артық болуы+
B) педагогтердің-пән оқытушыларының толық оқу жүктемесімен қамтамасыз етілмеуі
C) арнаулы оқу орындарында мұғалімдерді даярлаудағы мамандандырудың бір бейінділігі
D) ШЖМ-ның қызметін реттейтін нормативтік-құқықтық базаның жетілмегендігі
E) ШЖМ оқу жоспарының вариативті және жеке компоненті бойынша білім беру оқу бағдарламаларының жоқтығы