ШЖМ–ны дамытудың оқу-тәрбие процесін ұйымдастыру проблемалары ретінде бірқатар мәселелерді бөліп көрсетуге болады. Оларға кірмейді:
A) арнаулы оқу орындарында мұғалімдерді даярлаудағы мамандандырудың бір бейінділігі+
B) аз толтырылған сыныптарда оқытудың дәстүрлі әдістемелерінің артық болуы
C) гипербақылауға және нәтижесінде білім алушының мазасыздануына алып келетін педагогикалық процестің нәтижелерін бағалаудың тиімсіз жүйесі
D) ақпараттық-коммуникациялық технологияларды нашар пайдалану
E) білім алушылар санының аздығына байланысты сапалы бейінді оқытуды ұйымдастыру мүмкіндігінің жоқтығы